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1부 시스템감사의 도입과 감사원의 혁신
  Ⅰ. 시스템감사로의 감사방향 대전환 = 8
  Ⅱ. 시스템감사를 위한 감사운영 혁신 = 16
2부 시스템감사의 주요성과
  시스템감사의 성과를 말한다 = 28
  제1장 무한경쟁시대에 대응한 정부역량 강화와 지속적인 혁신 유도 = 33
    Ⅰ. 금융기관 감독실태 = 34
    Ⅱ. 공기업 경영혁신 추진실태 = 48
    Ⅲ. 단체수의계약 등 공공구매제도 운영실태 = 66
    Ⅳ. 한국방송공사(KBS) 운영실태 = 80
    Ⅴ. 국·공유재산 관리실태 = 94
  제2장 재정운용의 효율성 및 투명성 제고 = 107
    Ⅰ. 공적자금 지원 및 관리실태 = 108
    Ⅱ. 주요 재정투자사업 예산관리실태 = 124
    Ⅲ. SOC 민간투자제도 운영실태 = 138
    Ⅳ. 과세자료 기반구축 및 운용실태 = 152
    Ⅴ. 정보화촉진기금 운용실태 = 162
  제3장 사회통합과 삶의 질 향상을 위한 정부시책의 실효성 확보 = 175
    Ⅰ. 국민건강보험 운영실태 = 176
    Ⅱ. 학교시설·교원양성 등 교육재정 운영실태 = 194
    Ⅲ. 임대주택 건설 및 관리실태 = 208
    Ⅳ. 공항확충사업 추진실태 = 220
    Ⅴ. 영향평가제도 운영실태 = 226
    Ⅵ. 오지 등 낙후지역 지원시책 추진실태 = 238
  제4장 경제활력 회복과 미래 성장동력 창출 지원 = 249
    Ⅰ. IT 등 첨단기술산업 관련시책 추진실태 = 250
    Ⅱ. 중소·벤처기업 보증(보험) 지원실태 = 266
    Ⅲ. 기업여신 신용평가시스템 운영실태 = 284
    Ⅳ. 청년고용 증진시책 추진실태 = 300
    Ⅴ. 지역산업 진흥사업 추진실태 = 316
  제5장 지방화시대에 대응한 자치행정의 건전한 발전 유도 = 329
    Ⅰ. 지방자치단체 기금 운용실태 = 330
    Ⅱ. 제3섹터 출자법인 운영실태 = 340
    Ⅲ. 재해복구비 집행실태 = 352
    Ⅳ. 도시기반시설 설치비용 부과실태 = 362
  제6장 부정부패 척결 및 적극적 공직문화 조성 = 373
    Ⅰ. 자치단체 민원행정 처리실태 = 374
    Ⅱ. 공직기강 감찰활동 = 388
    Ⅲ. 모범사례 발굴 및 전파 = 396