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지은이는 이 책의 프롤로그에서 다음과 같이 말한다.
"소설가와 드라마 작가는 단지 역사적인 인물로서 의원 허준이라는 이름만 빌려왔을 뿐이다. 그들은 허준의 생애와 의술의 실제 모습을 밝히는 데에는 별로 관심을 두지 않았다."

즉, 소설과 드라마를 통해 대중적으로 널리 알려져 있는 허준의 모습은 상당수가 작가에 의해 재구성된 허구라는 것이다. 그도 그럴 것이 허준은 문집이나 일기도 남기지 않았고, 허준에 관한 다른 사람들의 글도 거의 없기 때문에 허준의 삶과 생각을 제대로 읽어내기란 상당히 어려운 일일 수 밖에 없다.

그러나 이 같은 사료부족이 역사적 인물인 허준을 왜곡하는 이유가 될 수는 없을 것이다. 지은이는 이런 점을 강하게 비판하고, 이 책을 통해 '진짜 허준'의 삶과 학문, 의술의 진면목과 역사적 의의를 제대로 밝혀보려 한다.

책은 전체 4부로 구성되어 있다. 먼저 이 책의 1부에서는 드라마의 영향으로 일반인이 잘못 알고 있는 허준의 의술과 생애(허준은 시체를 해부하지 않았다, 반위는 위암이 아니다, 유의태는 허준의 스승이 아니다, 허준은 의과에 급제하지 않았다 등)에 대해 정리했다. 일종의 '소평전'인 2부는 최근까지의 연구성과를 종합해 허준의 생애, 의술, 학문에 대해 객관적으로 기술하고 있다.

1, 2부가 허준의 삶에 초점을 맞췄다면, 3, 4부는 <동의보감>과 허준이 저술한 여러 의학서를 중점적으로 다루고 있다. 따라서 허준에 대한 '평전' 형식의 글을 기대했던 이라면, 이 책 후반부의 내용에 다소 고개를 갸우뚱할 거릴 수도 있을 것 같다.

하지만 지은이는 생각은 좀 다르다. 허준의 최대 저작인 <동의보감>의 역사적 가치를 해명하는 것이야말로 허준을 올바르게 평가하는 기준점을 세우는 일이라는 것. 3부는 이같은 관점에서 <동의보감>에 어떤 의학적 가치가 있는지, 그 특징은 무엇인지를 꼼꼼히 다루고, 마지막 4부에서는 그동안 거의 연구되지 않았던 허준의 나머지 저작 6종을 통해 그의 의학적 성취를 구체적으로 살펴본다.

정보제공 :

목차
책을 펴내며 = 5
프롤로그 : 상상 속의 허준과 역사 속의 허준 = 15
 부족한 사료, 꾸며진 생애 = 15
 역사 속의 허준 = 17
 허준의 의술, 설화와 실제 사이 = 22
 세상을 보는 두 시각 - 소설·드라마와 역사 = 24
제1부 가짜 허준, 진짜 허준
 허준의 의술에 대해 잘못 알고 있는 것들 = 31
  허준은 시체를 해부하지 않았다 = 31
  드라마 (허준)에 매실이 등장하게 된 속사정 = 37
  반위가 위암이라고? = 38
  구침지희와 조선의 수의학 = 39
  『동의보감』은 만병통치의 근원이 아니다 = 40
 허준의 생애에 대해 잘못 알고 있는 것들 = 45
  유의태는 허준의 스승이 아니다 = 46
  허준은 의과에 급제하지 않았다 = 49
  허준과 양예수는 라이벌이었나 = 50
  허준은 천첩 소생이 아니다 = 54
  허준은 생전에 정1품 보국승록대부 작위를 받지 못했다 = 55
  예진과 조선시대의 의녀에 대하여 = 56
 삶의 흔적을 더듬다 = 60
  허준의 출생, 7년 앞당겨지다 = 60
  허준은 어디서 태어나고 자랐는가 = 62
  나는 의심한다, 허준의 친필을 = 68
  민통선 철책 안에서 잠들어 있는 허준 = 72
  허준 초상화, 하나 더 만들자 = 75
 뜨거운 논쟁을 위하여 = 75
  『동의보감』은 임진왜란 피해 복구책으로 편찬된 것인가 = 77
  『동의보감』은 단지 중국 책을 베낀 것에 불과한가 = 83
  『동의보감』의 인용문헌은 86종인가, 240여 종인가 = 86
  『동의보감』에 대한 악평, 어떻게 해석해야 하는가 = 87
  허준은 삼교회통론을 주창했는가 = 89
  허준은 장부, 소아, 부인론을 제창했는가 = 92
  『동의보감』을 보는 눈 = 95
제2부 허준 소평전-생애, 의술, 학문
 의술과 학문의 기초를 닦다 = 101
  양반 가문의 서자로 = 101
  역사 속에 나타난 젊은 허준의 모습 = 103
  나는 허준의 독학을 주장한다 = 106
 신분의 벽을 허물며 나아가다 = 109
  허준, 벼슬길에 들어서다(31 ~ 33세) = 110
  관직 초반의 행적(34 ~ 51) = 114
  신분의 벽을 깨고 당상관에 오르다(52세) = 115
  의원의 신분으로 종1품에 오르다(53 ~ 68세) = 116
  귀양, 복권 그리고 최후(69 ~ 77세) = 122
 최선을 다해 진료할 뿐이다 = 126
  젊은 허준의 의술 = 127
  허준, 두창의 명의가 되다 = 131
  선조의 고질병과 허준의 의술 = 134
 최고의 의학자로 우뚝 서다 = 146
  허준의 저작 개관 = 146
  첫 저작『찬도방론맥결집성』 = 147
  언해본 의서『언해태산집요』, 『언해구급방』, 『언해두창집요』 = 148
  『동의보감』 = 150
  전염병 전문 의서『신찬벽온방』과 『벽역신방』 = 152
  의서의 발간 = 154
  조선 의학의 전통을 세우다 = 154
제3부 왜『동의보감』인가
 프로젝트 발주에서 완수까지 = 161
  선조, 새 의서의 편찬을 명하다 = 161
  프로젝트 팀을 구성하다 = 167
  프로젝트 팀의 해산과 허준의 단독 임무 수행 = 170
  프로젝트의 완수 = 172
  『동의보감』의 출간 = 175
 5편 106문 목차의 수수께끼 = 178
  질병 중심에서 몸 중심으로 = 178
  몸 안의 세계(內景) = 182
  몸 겉의 세계(外形) = 187
  병의 세계 = 190
  자연세계의 분류 = 192
  침과 뜸의 세계 = 194
  사상가로서의 허준 = 196
 물거울에 비춘 듯 모든 병이 환하게 드러나리라 = 198
  날줄과 씨줄 편집의 지향점 = 198
  '물거울' 편집의 비밀 = 200
  적절한 약의 분량과 쓸 만한 약의 선택 = 207
  의학 경전의 정신에 충실하라 = 211
 역대 한의학 3대 저작 중 하나? = 216
  『동의보감』은 조선에서 가장 중요한 의서다 = 216
  남북한의 한의학에서 『동의보감』은 가장 중요한 책이다 = 220
  『동의보감』은 중국 시장에서 경쟁력 있는 의서였다 = 222
  일본에서는 『동의보감』이 두 차례 인쇄되었다 = 228
  이제마, 한의학 3대 저작 중 하나로 『동의보감』을 꼽다 = 229
제4부 허준의 기초의학, 민간의학, 전염병학
 진맥의 오류를 바로잡은 『찬도방론맥결집성』 = 235
  조선 초의 진맥학(診脈學)학습 = 235
  허준, 진맥학의 잘못을 바로잡다 = 238
  맥을 바로잡는 것은 나라의 기강을 바로 세우는 것 = 243
  떨리는 마음으로 책을 지으니 = 245
 구급의학을 재정리한 『언해구급방』 = 247
  구급방의 필요성 = 247
  구급의학의 전통 = 248
  『언해구급방』의 수수께끼 = 251
  『언해구급방』에는 어떤 내용이 담겼나 = 253
  『언해구급방』의 의학적 특성 = 256
 임신과 출산에 요긴한 『언해태산집요』 = 260
  태산학(胎産學)의 필요성 = 260
  17세기 이전 중국과 조선의 태산학 전통 = 261
  『태산요록』과 『언해태산집요』 = 265
  허준의 태산학 = 267
 두창신에게 도전한 『언해두창집요』 = 270
  1556년 어느 할아버지의 두창 일기 = 270
  조선 초 두창의 유행과 대응 = 273
  『언해두창집요』의 편찬 동기 = 277
  『언해두창집요』의 내용 = 282
  『언해두창집요』에 대한 학술적 평가 = 284
 조선전염병 의학의 혁신 『신찬벽온방』 = 287
  전염병의 여러 이름들 = 287
  나라에서 『벽온방』을 편찬한 까닭은? = 289
  역려의 유행과 허준의 『신찬벽온방』편찬 = 292
  『신찬벽온방』이 『간이벽온방』과 다른점 = 295
  허준의 전염병학 = 299
 세계질병사에 빛나는 성홍열 연구 『벽역신방』 = 302
  미지의병 당홍역(唐紅疫)의 대유행 = 302
  허준, 『벽역신방』을 짓다 = 304
  당홍역에 대한 허준의 관찰과 견해 = 306
  독역(毒疫)과 마진(痲疹) = 310
  성홍열연구에 관한 국제적인 비교 = 313
  세계질병사적인 성취 = 316
에필로그 : 조선사람, 허준 = 318
허준 연보 = 325